Γεννημένος στις 2 Ιουλίου 2006, ο Κωνσταντίνος Πολυκράτης ξεκίνησε την ποδοσφαιρική καριέρα του από τη Γερμανική Αθλητική Ακαδημία της Θεσσαλονίκης, ενώ το 2015 εντάχθηκε στην Ακαδημία του ΠΑΟΚ.
Με την Κ19 του ΠΑΟΚ κατέκτησε το Κύπελλο Κ19 το 2024/25, ενώ την επόμενη αγωνιστική περίοδο κατέγραψε τρεις (3) συμμετοχές στο UEFA Youth League, όντας μάλιστα ο αρχηγός του ΠΑΟΚ.
Την περσινή αγωνιστική περίοδο είχε 21 συμμετοχές με 2 γκολ και 2 ασίστ με τον ΠΑΟΚ Β’ στη Super League 2. Ο Κωνσταντίνος Πολυκράτης έχει υπάρξει διεθνής με την U16, την U17, την U18, την U19 και την U21 της Ελλάδας.